定量蛋白質組學，是對研究對象基因組表達的所有蛋白質或者一個混合體系中的目標蛋白質進行精確定量和定性的蛋白質組學。用來探索蛋白質作用模式、功能機理、調節控制以及蛋白質群體內的相互關系，從而獲得對不同處理過程、生理狀態、及其調控網絡的全面而深入的認識，以揭示生命活動的基本規律。根據技術手段的區別，分為iTRAQ/TMT 標記定量蛋白質組， Label Free 非標記定量蛋白質組。

方案設計

定量蛋白組學的實驗設計思路為差異比較，獲得不同處理或生理狀態下的蛋白質表達變化，從而探索不同處理或生理狀態之間的差異機制，同時也可為植物抗逆、育種保護，肉及乳制品品質研究，動物致病研究等諸多應用領域提供理論依據。蛋白組學實驗，一般建議樣本重復數不少于 3 個，野外樣本重復數大于 6 個，生物學重復越多越好。

iTRAQ標記定量蛋白質組學 

樣本要求

項目流程

TMT標記定量蛋白質組學 

樣本要求

項目流程

Label Free非標記定量蛋白質組學 

樣本要求

項目流程

SILAC細胞蛋白質組分析技術 

樣本要求

項目流程

分析內容展示

差異蛋白火山圖

KEGG 富集分析

GO 富集分析圖

差異蛋白雙向聚類熱圖

KEGG 代謝通路圖

蛋白網絡互作圖

Input是什么，有什么作用

input是指樣本經過超聲，但是沒有進行ChIP，包含樣本超聲后總DNA，可以進行電泳，檢測超聲效果，同時，可以與最后ChIP樣本進行比較，看ChIP的效率（如果用同一引物進行PCR，ChIP組和input組亮度差不多，說明ChIP效率高，基本上，樣本中所有的目的基因片段都被ChIP下來了，反之，說明效率低，實驗條件有待改進）

ChIP-seq測序需要多少數據量？

推薦20M reads /樣本的數據量。

ChIP-Seq是所有物種都能做嗎

不是，研究對象應該是有參考基因組的動物，注釋完整。

文庫制備過程是否需要PCR 擴增？PCR 擴增后是否會影響最后的結果？

基于第二代測序平臺的ChIP-Seq在文庫制備過程中需要進行PCR，主要是為了獲得足夠上機反應的DNA量，如果提供的DNA樣品足量，可減少PCR循環數。因此由PCR引起的偏向性非常小。

DNA 片段范圍的跨度會對后續測序有影響嗎？

有影響，定量準確性、測序質量與數據產量都可能受到影響，而且跨度越大，影響越大。通常我們要求打斷后DNA電泳主帶在100-500 bp 范圍內，主峰介于200-300 bp。目前在建庫過程中允許的最長跨度為200 bp。

ChIP-Seq是否需要做陰性對照測序？

通?？梢赃x擇Input作為對照進行測序，也可根據經費情況靈活安排。

哪些因素會影響ChIP-Seq的結果？

抗體的質量與特異性、實驗設計、ChIP的實驗操作、DNA片段長度范圍、測序深度、測序質量等都會影響ChIP-Seq的結果。